Para esto debes dirigirte a Configuración → Fuentes, abrir la configuración de la fuente especifica dando clic en su código.
Al visualizar la información de la fuente debes dar clic en el botón Eliminar.
Si la fuente seleccionada tiene transacciones asociadas o movimientos en el sistema, este te muestra un mensaje como el siguiente:
En este caso podrás Inactivar la fuente contable para que no se haga uso de esta en futuras transacciones, solo debes cambiar su Estado en la parte inferior de su configuración.