Para esto debes ingresar a Configuración → Conceptos de Ingresos y Egresos, abrir la configuración del concepto dando clic en su código.
y en la nueva ventana encuentras Eliminar.
Si el concepto seleccionado tiene transacciones asociadas o movimientos en el sistema, este te muestra un mensaje como el siguiente:
En este caso podrás Inactivar el concepto para que no se haga uso de este en futuros movimientos, solo debes cambiar su Estado en la parte inferior de su configuración.